El museo está ubicado en el complejo fabril de Santa Ana: la producción de cerámica en este lugar comenzó hace 500 años y se detuvo solo a fines del siglo XX. Los arquitectos que llevaron a cabo no solo la reconstrucción del edificio para las necesidades expositivas, sino también el diseño de la exposición, consideran su proyecto como un “paso más en la evolución” de esta manufactura.
De la fábrica en funcionamiento han sobrevivido 8 hornos, un pozo, molinos para hacer pinturas, talleres y almacenes. En el transcurso de los hallazgos arqueológicos, se pudieron encontrar los restos de 8 hornos más, el más antiguo de los cuales ya no se usaba a fines del siglo XVI.
Los arquitectos no quisieron "declarar" nada con su proyecto, sino que solo intentaron encajar en el contexto histórico: por ejemplo, su trabajo no se manifiesta de ninguna manera en las fachadas del edificio.
A lo largo de los siglos de trabajo activo, la fábrica ha sido reconstruida, renovada y ampliada repetidamente, y hoy su complejo es un mosaico caótico de fragmentos de diferentes épocas. Con la ayuda de los últimos métodos arqueológicos, fue posible preservar no solo este desorden, sino incluso el hollín y las cenizas de los siglos pasados.
El primer nivel del edificio se organiza alrededor de los hornos, lo que hace que el espacio sea laberíntico; describe el proceso tradicional de fabricación de cerámica. Las salas de exposición en el segundo piso están ubicadas alrededor del patio. Las fachadas de esta parte del edificio están protegidas del sol con tubos de cerámica de producción local: esto es tanto una referencia al tema del museo como una forma de resaltar visualmente la capa más nueva del “palimpsesto” arquitectónico.