El complejo del museo es una central eléctrica reconstruida de principios del siglo XX, una estructura de ladrillo con decoración neoclásica de estuco, en la que se incrustan las formas cristalinas características de Libeskind. Desde el exterior, se leen como volúmenes cúbicos y alargados de acero inoxidable azul que sobresalen de los pisos del edificio. Tienen la forma de dos letras del alfabeto hebreo: "sombrero" y "iod", que juntas forman el lema del proyecto L'Chaim de Libeskind, que significa "a la vida". Sin embargo, solo se pueden leer si miras el edificio desde arriba, que es inaccesible para el visitante promedio del museo.
En el vestíbulo del museo, la pared opuesta a la entrada está alineada con líneas en relieve resaltadas que forman la palabra "pardes", que significa "Jardín del Edén" y que también simboliza los cuatro niveles de comprensión de la Torá. Pero este elemento del proyecto también se percibe con dificultad debido a las curvas pronunciadas en el espacio del vestíbulo.
En la principal, el primer nivel del complejo, también hay un auditorio (en cuyo techo se representa de manera abstracta un mapa de Tierra Santa), un centro educativo y galerías. En el segundo piso hay un local administrativo, así como una sala de exposiciones del mismo nombre inscrita en un enorme cubo de la letra "yodo", iluminado a través de 36 ventanas poligonales.
El propio Libeskind destaca la diferencia entre el edificio de San Francisco y sus museos judíos del Viejo Mundo: el edificio californiano no tiene el sello de la catástrofe del Holocausto, que está necesariamente presente en sus proyectos europeos. No obstante, el lenguaje de la arquitectura de Libeskind sigue siendo el mismo: las líneas agudas y discontinuas que anteriormente simbolizaban la tragedia histórica ahora deberían representar las "casetas del cielo" de una floreciente diáspora judía en la costa del Pacífico.
