El Centro de Biodiversidad Naturalis es heredero del Museo de Historia Natural, fundado por orden del Rey Guillermo I de los Países Bajos en 1820, y desde entonces ha sufrido varias transformaciones, la principal de las cuales ocurrió a principios de la década de 2010: el Museo Zoológico de la Universidad de Amsterdam y el Herbario Nacional, uno de los más grandes del mundo. Como resultado, ha surgido un centro educativo y de investigación, cuya colección (42 millones de artículos) es una de las cinco colecciones de ciencias naturales más grandes del planeta.
Al mismo tiempo, la popularidad de "Naturalis" entre el público en general solo creció, con 400.000 personas al año, por lo que el edificio que se inauguró en 1998 tuvo que ser rápidamente ampliado y reconstruido. Los arquitectos de Neutelings Riedijk han colocado un espacioso atrio en el centro, que conecta el almacenamiento y las instalaciones administrativas existentes con el nuevo museo y los modernos laboratorios para más de 200 investigadores. El área total de la institución es de 38.000 m2, de los cuales 18.000 m2 son de reconstrucción y 20.000 de nueva construcción.
La fachada del atrio es una composición ornamental de hormigón de óvalos y triángulos, que recuerda la estructura de las moléculas. El mismo patrón se coloca en los pisos. En el interior, está revestido de travertino rojo, intercalado con 263 paneles de hormigón diseñados por la diseñadora de moda Iris van Herpen. Al hormigón blanco se le ha dado la suavidad de la seda para evocar los vestidos futuristas de van Herpen, y los patrones están inspirados en artículos de la colección Naturalis. La misma estructura rayada se encuentra en las fachadas del edificio.
Junto con los relucientes cristales de travertino, los paneles blancos crean la impresión de capas de roca contrastantes. La similitud se ve reforzada por el camino que se estrecha en forma de camino a través del atrio, desde la sala de exposiciones y los laboratorios en el nivel del suelo hasta las galerías en el piso superior.
El atrio también está decorado con obras del diseñador Tord Boontje. Habitualmente se ocupa de muebles, lámparas y tejidos estampados, y para Naturalis ha realizado casi un centenar de paneles murales "sobre las maravillas de la naturaleza", combinando motivos gráficos y fotográficos.
