La Fundación Botín para las Artes y la Cultura se construyó en la antigua zona portuaria, que durante mucho tiempo separó el océano Atlántico del centro de la ciudad. La situación ha cambiado con la aparición de un nuevo centro cultural en el solar de un estacionamiento de la terminal de ferries, pero los cambios a mejor habrían sido mucho más modestos si no hubiera sido por la iniciativa de las autoridades de la ciudad: escondió una carretera muy transitada (13 millones de automóviles por año) en un túnel que pasaba entre las manzanas de la ciudad y un muelle. Esto permitió extender los jardines históricos de Pereda hasta la orilla del mar: es en su nuevo territorio donde se ubica el centro de Botín.
Se eleva sobre el suelo sobre soportes blancos y está parcialmente cubierto de vegetación, para no perturbar la integridad del paisaje marino que se abre desde este punto. Con el mismo propósito, el volumen del edificio se divide en dos "hemisferios", conectados por pasajes y terrazas de vidrio y acero. Al mismo tiempo, el edificio sobresale nueve metros hacia el Atlántico, formando una especie de trampolín.
Las fachadas están cubiertas con 280.000 baldosas de nácar redondeadas que enfatizan la forma aerodinámica del edificio. Los extremos de los "hemisferios", frente al océano y la ciudad, están vidriados, completamente de vidrio, y el pabellón de entrada es la única habitación a nivel del suelo en el centro. Hay un centro de información, una tienda del museo, una cafetería y un restaurante.
Sobre él, en el "hemisferio" occidental más grande, hay dos pisos de salas de exposiciones con un sofisticado sistema de filtración de la luz solar en los techos típico de los proyectos de Renzo Piano Building Workshop.
La parte oriental alberga una sala para 300 espectadores y un centro educativo. Se instaló una pantalla LED en la fachada occidental y se erigió un anfiteatro para proyecciones de películas y transmisión de lo que está sucediendo en el edificio.
La parte nueva de los Jardines de Pereda fue diseñada por el arquitecto paisajista Fernando Caruncho: durante la reconstrucción, el área de este parque de la ciudad ha crecido de 20.000 a 48.000 m2, y los espacios verdes allí, de 7.003 a 20.056 m2. Allí se construyó un nuevo centro de información turística, también de acuerdo con el proyecto de la oficina de Piano.