La rica historia arquitectónica del complejo comenzó con la finalización del primer edificio del museo, construido en 1939 por Philip L. Goodwin y Edward Durell Stone, e inmediatamente quedó claro que no había suficiente espacio. Philip Johnson construyó dos edificios adicionales para el MOMA: en 1951 (ahora demolido) y en 1964. César Pelli agregó espacios de exhibición al complejo, así como un complejo residencial de 52 pisos "Museum Tower".
Taniguchi, que trabajó en el proyecto de reconstrucción junto con la oficina de Kon Pedersen Fox, intentó preservar todas las huellas de la reestructuración anterior, destacando en ellas ángulos inesperados.
A pesar de que el siglo XX ha terminado, y durante mucho tiempo el arte más moderno se ha exhibido en el Museo Guggenheim, el arquitecto no le dio al edificio un enfoque intenso en el futuro. Por el contrario, la linealidad enfatizada y las superficies lisas de las paredes transmiten la integridad de esta experiencia histórica.
El nuevo vestíbulo con fachada de vidrio gris y granito negro está precedido por un conjunto de edificios de distintas épocas. En el interior, pasando a lo largo de una hilera de columnas blancas, el visitante ingresa a un enorme atrio, alrededor del cual se concentran las galerías de exhibición en los seis pisos. Los puentes de luz en la pared del fondo del vestíbulo conectan los pasillos en diferentes niveles.
Las obras posteriores se encuentran en los niveles inferiores, los primeros clásicos incondicionales del arte del siglo XX, en la parte superior.
Cuando el visitante mira hacia abajo desde el nivel superior de las salas, ve entre la luz y, por así decirlo, disolviendo en el aire la arquitectura las obras más significativas de un período determinado. Mirando a través de la pared de vidrio de una de las fachadas del anexo de Taniguchi, el Balzac de Rodin y los autos deportivos italianos son visibles simultáneamente en galerías de diferentes niveles.
Un lugar especial en el conjunto del museo lo ocupa un jardín con abedules llorones y puentes de mármol, ubicado detrás de la pared de vidrio del vestíbulo. Está ubicado en terrazas bajas que le dan una sensación de amplitud. Junto con el nuevo edificio de seis pisos, los edificios antiguos, que ahora albergan un centro educativo, una filmoteca y un archivo fotográfico, también se abren al jardín.
